Modeller 学习记录（五）

woniuzhixing · 发表于 2014-11-22 15:27:38

lrf1980 发表于 2014-11-21 07:44
SOAP 打分开启方法

从下面网站上下载SOAP相关文件放到目录 modeller-9.14/modlib下

我下载的是basic-example，modeller9.14，这两个文件夹均放在了C盘中，目录级别是一样的，并没有把谁放在谁里面，接着将soap_protein_od.hdf5文件下载下来，属性显示是180M大小，然后该文件放在了modeller-9.14/modlib/目录中，结果显示如下：
>> ENERGY; Differences between the model's features and restraints:
Number of all residues in MODEL                :    335
Number of all, selected real atoms             :    2605 2605
Number of all, selected pseudo atoms             :       0    0
Number of all static, selected restraints       : 28624 28624
COVALENT_CYS                                     :       F
NONBONDED_SEL_ATOMS                            :       1
Number of non-bonded pairs (excluding 1-2,1-3,1-4): 523644
Dynamic pairs routine                            : 1, NATM x NATM double loop
Atomic shift for contacts update (UPDATE_DYNAMIC) : 0.390
LENNARD_JONES_SWITCH                            : 6.500 7.500
COULOMB_JONES_SWITCH                            : 6.500 7.500
RESIDUE_SPAN_RANGE                               :       1 9999
NLOGN_USE                                        :    15
CONTACT_SHELL                                  : 15.000
DYNAMIC_PAIRS,_SPHERE,_COULOMB,_LENNARD,_MODELLER :       T    F    F    F    T
SPHERE_STDV                                     : 0.050
RADII_FACTOR                                     : 0.820
Current energy                                  :    -38043.4922

<< end of ENERGY.
DOPE score             : -38043.492188
>> Model assessment by SOAP-Protein-OD score
hdf5err____E> unable to open file

Traceback (most recent call last):
  File "C:\basic-example\model-single.py", line 13, in <module>
a.make()
  File "C:\Modeller9.14\modlib\modeller\automodel\automodel.py", line 121, in make
self.multiple_models(atmsel)
  File "C:\Modeller9.14\modlib\modeller\automodel\automodel.py", line 225, in multiple_models
self.outputs.append(self.single_model(atmsel, num))
  File "C:\Modeller9.14\modlib\modeller\automodel\automodel.py", line 322, in single_model
self.model_analysis(atmsel, filename, out, num)
  File "C:\Modeller9.14\modlib\modeller\automodel\automodel.py", line 369, in model_analysis
assess_keys = self.assess(atmsel, self.assess_methods, out)
  File "C:\Modeller9.14\modlib\modeller\automodel\automodel.py", line 417, in assess
(key,value) = method(atmsel)
  File "C:\Modeller9.14\modlib\modeller\terms.py", line 60, in __call__
return (self.name, atmsel.assess(self))
  File "C:\Modeller9.14\modlib\modeller\selection.py", line 655, in assess
molpdf, terms = assessor._assess(self, output=output, **vars)
  File "C:\Modeller9.14\modlib\modeller\terms.py", line 56, in _assess
return atmsel.energy(edat=self._get_energy_data_cached(),
  File "C:\Modeller9.14\modlib\modeller\terms.py", line 68, in _get_energy_data_cached
self._edat = self._get_energy_data_all()
  File "C:\Modeller9.14\modlib\modeller\terms.py", line 73, in _get_energy_data_all
edat.energy_terms.append(self)
  File "C:\Modeller9.14\modlib\modeller\util\modlist.py", line 155, in append
self.insert(len(self), obj)
  File "C:\Modeller9.14\modlib\modeller\util\modlist.py", line 167, in insert
self._insfunc(indx, obj)
  File "C:\Modeller9.14\modlib\modeller\terms.py", line 38, in _insfunc
obj._add_term(self.__edat(), indx)
  File "C:\Modeller9.14\modlib\modeller\soap_protein_od.py", line 21, in _add_term
self.__library)
ModellerError: hdf5err____E> unable to open file
显示不能打开文件，跪求照葫芦画瓢为啥还是错？？python是2.7版本的。。
>>>

lrf1980 · 发表于 2014-11-22 16:33:25

文件你没有下载全，确实是1.6g左右大小，我的就是那么大的。再下载一次吧

zhuimeng0812 · 发表于 2015-5-19 22:36:06

我用多模板模建。根据你这个方法，在其中一个模板后加.. 再把相应的氨基酸个数加2，其他几个模板只在*号前加-- 氨基酸个数，不做修改，目标序列，*前加.. 但是，老报错。错误是：_modeller.ModellerError: read_te_290E> Number of residues in the alignment and pdb files are different: 243 239 For alignment entry: 1 1zoyB 。我认为不是我残基个数修改有问题，因为我只用1zoy这一个模板，同源模建是成功的，加了另外几个模板就出现这个错误，请问原因是什么？

lrf1980 · 发表于 2015-5-20 16:26:13

zhuimeng0812 发表于 2015-5-19 22:36
我用多模板模建。根据你这个方法，在其中一个模板后加.. 再把相应的氨基酸个数加2，其他几个模板只在 ...

应该就是实际的氨基酸数目不对，你把alignment的文件内容贴出来看看吧，我有的时候也遇到这个问题，没有找到合适的办法。

zhuimeng0812 · 发表于 2015-5-20 19:26:15

lrf1980 发表于 2015-5-20 16:26
应该就是实际的氨基酸数目不对，你把alignment的文件内容贴出来看看吧，我有的时候也遇到这个问题，没有 ...

>P1;1zoyB
structureX:1zoy_fit.pdb:9 :B:+243 :B:::-1.00:-1.00
-------------------------------------------PRIKKFAIYRWDPDKTGDKPHMQTYEIDLNNC
GPMVLDALIKIKNEIDSTLTFRRSCREGICGSCAMNINGGNTLACTRRIDTNLDKVSKIYPLPHMYVIKDLVPDL
SNFYAQYKSIEPYLKKKDESQEGKQQYLQSIEEREKLDGLYECILCACCSTSCPSYWWNGDKYLGPAVLMQAYRW
MIDSRDDFTEERLAKLQDPFSLYRCHTIMNCTGTCPKGLNPGKAIAEIKKMMATYKE----------....*
>P1;2h88B
structureX:2h88_fit.pdb:8 :B:+239 :B:MOL_ID
------------------------------------------TSRIKKFSIYRWDPDKPGDKPRMQTYEVDLNKC
GPMVLDALIKIKNELDSTLTFRRSCREGICGSCAMNIAGGNTLACTKKIDPDLSKTTKIYPLPHMYVVKDLVPDL
SNFYAQYKSIEPYLKKKDESKQGKEQYLQSIEDRQKLDGLYECILCACCSTSCPSYWWNGDKYLGPAVLMQAYRW
MIDSRDDYTEERLAQLQDPFSLYRCHTIMNCTRTCPKGLNPGKAIAEIKKMMATYK---------------*

>P1;3vr8B
structureX:3vr8_fit.pdb:33 :B:+249 :B:MOL_ID
-------------------------------------------KRIKTFEIYRFNPEEPGAKPKLQKFDVDLDKC
GTMVLDALIKIKNEVDPTLTFRRSCREGICGSCAMNIAGENTLACICNIDQNTSKTTKIYPLPHMFVIKDLVPDM
NLFYAQYASIQPWLQKKTKINLGEKQQYQSIKEQEKLDGLYECILCACCSASCPSYWWNADKYLGPAVLMQAYRW
IIDSRDDSAAERLARMQDGFSAFKCHTIMNCTKTCPKHLNPARAIGEIKMLLTKMKTKPAPLPTPAN----*

>P1;B
sequence:B: : : : ::: 0.00: 0.00
MSLARQIASSSRSFGARRAFASSAIRSQAVPTQEHGQIPTGKKPLNKVFKIYRWNPDEPATKPKLQSYTVDLNSC
GPMILDALIKIKNEMDPTLTFRRSCREGICGSCAMNIDGINTLACLCRISRAESQDAKIYPLPHMYVVKDLVPDL
TQFYKQYKSIEPYLKNDNPPEKG--EFLQSPEDRRKLDGMYECILCACCSTSCPSYWWNQDEYLGPATLMQAYRW
IADSRDSYGAERRERLQNSLSVYRCHTIFNCTRTCPKGLNPAQAIAKIKQELAAE------------....*

zhuimeng0812 · 发表于 2015-5-20 19:28:16

本帖最后由 zhuimeng0812 于 2015-5-20 19:35 编辑

zhuimeng0812 发表于 2015-5-20 19:26
>P1;1zoyB
structureX:1zoy_fit.pdb:9 :B:+243 :B:::-1.00:-1.00
---------------------------------- ...

因为，我已经只用1zoy这个模板做过了，coppy了配体，是没有问题的。我用多模板却出现这个问题，我觉得应该不是个数不对应的问题。而是其他的问题！

zhuimeng0812 · 发表于 2015-5-20 19:33:18

我准备用1zoy这一个模板把整个蛋白构建下来，构建的蛋白有4条链，也就是4个亚基。
我先尝试了同时构建2条链，这是我准备同时建2条链的序列比对结果：
>P1;1zoyC
structureX:1zoy.pdb: 6 :C:+240 :C:::-1.00:-1.00
TTAKEEMERFWNKNLGS------------N-----RPLSPHITIYRWSLPMAMSICHRGTGIALSAGVSLFGLSALLLP--G---NFESHLELVKSLCLGPTLIYTAKFGIVFPLMYHTWNGIRHLIW
DLGKGLTIPQLTQSGVVVLILTVLSSVGLAAM/
SSKAASLHWTGERVVSVLLLGLLPAAYLN-P--CSAMDYSLAAALTLHGHWGIGQVVTDYV--R-GDALQKAAKAGLLALSAFTFAGLCYFNYHDVGICKAVAMLWKL*

>P1;C
sequence:C: : : : ::: 0.00: 0.00
QSRATPLARQFVRSIQTESLPPSAATEILNAQRVKRPSSPHFTIYQPQITWIGSIANRITGGVLSGGLYLFALAYLAGPVVGIPVDTAHVVDLVAS--LPDWFKYAVKGALGMSFSFHSWNGIRHLLW
DAGRLMTNTAVMRSGYAVIGLSVATTIGLLTW/
SSKAGSHHWAFERLLSVALVPATVSAFVVSPTAYPVLDGILAVSLVVHSHIGFDSMVVDYLHPRKWPIFGPIIKWTLRLLTTGTLIGVYQFNTEDVGLSELVRRVWNA*

我用的*py脚本。网址：http://www.salilab.org/modeller/manual/node21.html
但是依然报错：报的错误是：modeller.ModellerError: define__595E> Number of selected atoms in sets 2 & 3 is not the same: 158 108

lrf1980 · 发表于 2015-5-20 21:30:38

zhuimeng0812 发表于 2015-5-20 19:26
>P1;1zoyB
structureX:1zoy_fit.pdb:9 :B:+243 :B:::-1.00:-1.00
---------------------------------- ...

要包含配体的话，好像不能用*.fit.pdb做模版，你看看＊_fit.pdb，这里面是没有配体信息的，你还需要改成＊.pdb。如果我没有记错的话。

zhuimeng0812 · 发表于 2015-5-21 17:03:33

lrf1980 发表于 2015-5-20 21:30
要包含配体的话，好像不能用*.fit.pdb做模版，你看看＊_fit.pdb，这里面是没有配体信息的，你还需要改成 ...

你的意思是只保留一个蛋白中有配体信息，其他的模板把配体去掉！
我再向你请教一个问题，modeller 同源模建的时候，提供的模板是不是必须要有链的信息。比如：A、B、C......链等，而把这些表示链的信息A、B、C...... 去掉，modeller 就不识别了？对吗？如下面的B 去掉：

ATOM 4731  N PRO B 9    111.971  33.330  97.856  1.00 92.26          N
ATOM 4732  CA  PRO B 9    112.160  34.798  97.760  1.00 92.31          C
ATOM 4733  C PRO B 9    111.127  35.407  96.816  1.00 93.29          C
ATOM 4734  O PRO B 9    110.966  34.956  95.677  1.00 92.89          O
ATOM 4735  CB  PRO B 9    113.573  35.036  97.237  1.00 91.79          C
ATOM 4736  CG  PRO B 9    114.270  33.722  97.624  1.00 93.83          C
ATOM 4737  CD  PRO B 9    113.196  32.635  97.440  1.00 91.53          C

报的错误是：
modeller.ModellerError: rdpdb___303E> No atoms were read from the specified input PDB file, since the starting residue number and/or chain id in MODEL_SEGMENT (or the alignment file header) was not found; requested starting position: residue number " 6", chain " C"; atom file name:  1zoy.pdb

让我奇怪的是：swiss-model 却是可以构建的，swiss-model 也是用的modeller 的模块，只是更便于操作而已，为什么 swiss-model可以，而modeller却不识别呢？

请你指导一下！谢谢！

lrf1980 · 发表于 2015-5-23 07:24:15

zhuimeng0812 发表于 2015-5-21 17:03
你的意思是只保留一个蛋白中有配体信息，其他的模板把配体去掉！
我再向你请教一个问题，modeller 同源 ...

抱歉，我没有说清楚，我的意思是，对于单模版建模的时候，我们给了模版的pdb code，align后在align 的ali文件中，structureX file 的名字应该就是pdb code.pdb，如果你的模版是1zoy,那么名字就是1zoy.pdb。但是在多模版建模的时候，程序会处理成pdb code－fit.pdb格式，像你的就是1zoy-fit.pdb，而且这个fit后的pdb里面是没有配体的，所以，如果你想用这个蛋白的配体，你需要在ali文件里把1zoy-fit.pdb改成1zoy.pdb。

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