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    <title>生物分子模拟论坛 - 【分析与作图软件】</title>
    <link>http://www.bioms.org/forum-187-1.html</link>
    <description>Latest 20 threads of 【分析与作图软件】</description>
    <copyright>Copyright(C) 生物分子模拟论坛</copyright>
    <generator>Discuz! Board by Comsenz Inc.</generator>
    <lastBuildDate>Fri, 15 May 2026 17:43:03 +0000</lastBuildDate>
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      <title>生物分子模拟论坛</title>
      <link>http://www.bioms.org/</link>
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      <title>pymol-1.7下载</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-62692-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[想找个老版本的pymol，找了一圈找不到，最后发现自己很久之前的电脑里还存有，发个链接，兄弟们点个赞，我会比较开心的。链接：https://pan.baidu.com/s/1qypC4ypdu0oGVbR-0Acdog  提取码：7dq4[/url]

 ...]]></description>
      <category>【分析与作图软件】</category>
      <author>lidon897</author>
      <pubDate>Mon, 24 Oct 2022 08:59:39 +0000</pubDate>
    </item>
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      <title>蛋白统计偶联分析（statistical coupling analysis, SCA）</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-62673-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我在利用annotateMSA模块进行蛋白质序列分类信息自动注释时总是出现如下报错：
我的目标分析蛋白序列如下：&gt;1RC2_1|ChainsA, B|Aquaporin Z|Escherichia coli (562)MFRKLAAECFGTFWLVFGGCGSAVLAAGFPELGIGFAGVALAFGLTVLTMAFAVGHISGGHFNPAVTIGLWAGGRFPAKEVVGYVIAQVVGGIVAAA ...]]></description>
      <category>【分析与作图软件】</category>
      <author>百步穿杨</author>
      <pubDate>Sun, 13 Mar 2022 07:45:03 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>导入PDB文件一直报错</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-62630-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[试着将对接后的pdb文件导入ligplot,但文件一直报错，使用pymol打开pdb文件没有问题。]]></description>
      <category>【分析与作图软件】</category>
      <author>小郭0815</author>
      <pubDate>Tue, 20 Jul 2021 09:18:15 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>请问在swiss-model网站得到的模拟结构怎么在pymol中形成symmetr...</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49339-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[请问在swiss-model网站得到的模拟结构怎么在pymol中形成symmetry mates，总是显示no symmetry loaded该怎么解决呢]]></description>
      <category>【分析与作图软件】</category>
      <author>wx_a0iTh04G</author>
      <pubDate>Sun, 17 Jan 2021 03:21:56 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>通过高分辨质谱图获得化合物分子式</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49158-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[高分辨质谱图结合ELemental compositiaon calculator数据处理获得化合物分子式https://mods.rna.albany.edu/masspec/Elcomp]]></description>
      <category>【分析与作图软件】</category>
      <author>山野小药童</author>
      <pubDate>Mon, 29 Jun 2020 09:05:45 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>PYMOL</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49143-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[怎么用pymol显示蛋白螺旋啊？]]></description>
      <category>【分析与作图软件】</category>
      <author>shentt</author>
      <pubDate>Wed, 10 Jun 2020 02:45:43 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>带有原配体的蛋白质redocking后，氨基酸残基与原配体的连...</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49122-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[请问大家一下，带有原配体的蛋白质重新对接以后，在ligplot+中本来显示有氢键连接的地方变成了疏水氨基酸，请问这是什么原因?是不是我对接坐标设置的问题还是处理蛋白的原因?求指教]]></description>
      <category>【分析与作图软件】</category>
      <author>琦锅锅_XI7es</author>
      <pubDate>Sun, 26 Apr 2020 01:11:42 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>pymol保存动画报错</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49100-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[保存动画的时候报错，请高手帮忙看一下怎么解决，谢谢！
报错如下：
Error: mpeg_encode did not run
Traceback (most recent call last):
  File \&quot;c:\\programdata\\anaconda2\\lib\\site-packages\\freemol\\mpeg_encode.py\&quot;, line 40, in run
    mpeg_encode_in.write(inp ...]]></description>
      <category>【分析与作图软件】</category>
      <author>Ryan</author>
      <pubDate>Thu, 12 Mar 2020 04:58:32 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>Pymol 入门操作手册</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49093-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[分享Pymol操作手册，有需要的请自行下载。]]></description>
      <category>【分析与作图软件】</category>
      <author>JonsYun</author>
      <pubDate>Fri, 28 Feb 2020 07:20:13 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>PyMOL中文教程 ——如何安装pymol wiki 中的插件</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49086-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[笔者利用 sphinx 搭建了一个PyMOL 中文教程 网站，持续更新中。

欢迎大家光临支持（PyMOL 中文教程） 提供建议。

安装PyMOLwiki中的命令这里我以这个命令 `FocalBlur`_[/url] 为例进行演示。

[*]下载 focal_blur.py脚本，https://raw.githubusercontent.com/Pymol-Sc ...]]></description>
      <category>【分析与作图软件】</category>
      <author>数据挖掘</author>
      <pubDate>Sun, 23 Feb 2020 07:23:27 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>ligplot</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49084-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[怎么用Ligplot 将一个蛋白与两个小分子的相互作用同时显示出来呢？我的小分子在结构里边分成了两个部分，我想显示这个小分子与蛋白的相互作用，应该做么处理啊？全都靠自己的人，希望大家帮助啊 ...]]></description>
      <category>【分析与作图软件】</category>
      <author>wx_bO2TcCeP</author>
      <pubDate>Thu, 20 Feb 2020 07:00:36 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>电子密度图形状不均匀圆滑</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49074-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[在PDB网站上下载了蛋白的fo-fc电子密度图，设置了选定残基（ss1）的电子密度，命令如下：PyMOL&gt; isomesh mesh1, 2fofc.map, 1.0, ss1, carve=1.6



参见出处：
http://bioms.org/thread-822-1-1.html

其他设置如下：level 0.0

但是生成的电子密度图不是像例子里面那 ...]]></description>
      <category>【分析与作图软件】</category>
      <author>evayo</author>
      <pubDate>Tue, 28 Jan 2020 04:52:11 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>ligplot+的设置问题</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49064-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[大佬们，请问出现这个问题是什么情况呢？要怎么才能解决呢?]]></description>
      <category>【分析与作图软件】</category>
      <author>五支折断的箭</author>
      <pubDate>Mon, 23 Dec 2019 07:30:11 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>Ligplot+作图中遇到的问题</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49032-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[Ligplot+输入PDB文件正确，小分子有两个溴原子，用同样的PDB文件在DS软件也显示是正确的，但在Ligplot+相互作用力结果图中却只显示了一个溴原子，看了无数帖子，也试了很多次，没找到原因，求各位大神指点一下。

 ...]]></description>
      <category>【分析与作图软件】</category>
      <author>卿卿Arisa</author>
      <pubDate>Mon, 02 Sep 2019 09:08:03 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>Ligplot+输入PDB文件正确，核实有两个溴原子，却只显示一个</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49022-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[Ligplot+输入PDB文件正确，小分子经核实有两个溴原子，其他软件也显示是正确的，但Ligplot+相互作用力结果图中却只显示了一个溴原子，这是什么原因呢？求大神指导。]]></description>
      <category>【分析与作图软件】</category>
      <author>卿卿Arisa</author>
      <pubDate>Mon, 12 Aug 2019 14:52:46 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>pymol过了试用期30天会怎样</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49020-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[过了30天试用期，还可以一直用，还是输出图片受限制，打个码什么的？

不清楚为什么按照置顶提供的安装方法，出现了一个报错，invalid syntax(/.pymolpluginsrc.py, line 9)

  File \&quot;c:\\programdata\\anaconda3\\lib\\site-packages\\pymol\\Qt%utils.py\&quot;, line 310, in wra ...]]></description>
      <category>【分析与作图软件】</category>
      <author>bigben446</author>
      <pubDate>Mon, 05 Aug 2019 22:28:49 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>如何导出Pymol中氨基酸之间距离测定的数值文本文档</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49017-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[各位论坛朋友，
    大家好！我在做完动力学模拟后，用Pymol 分析结构。目前测定了 不同PDB文件的相同两个原子之间的距离，大概有100个数值。请问有没有什么方法导出这些数值，方便我做进一步的分析？谢谢！ ...]]></description>
      <category>【分析与作图软件】</category>
      <author>libeibei</author>
      <pubDate>Sat, 27 Jul 2019 22:08:15 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>Ligplot 能将一个蛋白对接的两个小分子同时显示出来么？</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49012-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我用一个蛋白分子对接了两个分子，而且小分子在一起，我导入PDB时，只能选择一个小分子显示，怎么将它们同时显示出来？]]></description>
      <category>【分析与作图软件】</category>
      <author>陈威</author>
      <pubDate>Tue, 02 Jul 2019 02:12:35 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>pymol 打开plugin manager， 总是报错</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49008-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[使用pymol 打开plugin manager， 总是报错  显示Error in background function]]></description>
      <category>【分析与作图软件】</category>
      <author>luanypqdu</author>
      <pubDate>Wed, 19 Jun 2019 11:33:54 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>求助一个chimera的教程</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-48997-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[有没有大佬给分享一个呀]]></description>
      <category>【分析与作图软件】</category>
      <author>STLin</author>
      <pubDate>Fri, 24 May 2019 05:01:32 +0000</pubDate>
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