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    <title>生物分子模拟论坛 - 【分子动力学软件】</title>
    <link>http://www.bioms.org/forum-185-1.html</link>
    <description>Latest 20 threads of 【分子动力学软件】</description>
    <copyright>Copyright(C) 生物分子模拟论坛</copyright>
    <generator>Discuz! Board by Comsenz Inc.</generator>
    <lastBuildDate>Fri, 15 May 2026 17:43:06 +0000</lastBuildDate>
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      <title>生物分子模拟论坛</title>
      <link>http://www.bioms.org/</link>
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      <title>WHAM计算出的PMF如何转换成类似于论文中的PMF</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-62672-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[在AMBER的模拟中，把一个小分子拉过通道后，进行了伞形采样，然后用WHAM计算的得到的PMF是上图，但是我想得到类似于下面的图，请问我该怎么办？]]></description>
      <category>【分子动力学软件】</category>
      <author>xlllg</author>
      <pubDate>Wed, 02 Mar 2022 11:45:36 +0000</pubDate>
    </item>
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      <title>[GROMACS]关于添加小分子力场后报错问题</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-62653-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[研究需要在gromacs里模拟对接核酸和小分子，所以在amber99sb-ildn.ff力场文件夹中添加了自己用acpype做的小分子力场.itp,并修改了residuetype.dat使得残基能被识别，原子数据也录入了aminoacids.rtp和ffnonbonded.itp，录入内容如附件
到这一步我觉得小分子力场文件已经 ...]]></description>
      <category>【分子动力学软件】</category>
      <author>吴雨龙_lQb2l</author>
      <pubDate>Tue, 12 Oct 2021 11:51:38 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>请问为什么创建的十二面体水盒子中体系不在盒子中央</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49244-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[gromacs学习小白一个，特来请教各位老师。
我创建水盒子用的命令是gmx editconf -f complex.gro -o box.gro -d 0.8 -bt dodecahedron
填充水分子的命令是gmx solvate -cp box.gro -cs spc216.gro -o sol.gro -p topol.top
结果出来的sol.gro文件用pymol查看是下图这个样 ...]]></description>
      <category>【分子动力学软件】</category>
      <author>kulougui</author>
      <pubDate>Wed, 09 Sep 2020 10:50:56 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>Automated topology builder(ATB)提交任务问题</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49242-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[请问大家Automated topology builder(ATB)中提交文件出现warning！Possible missing hydrogens or incomplete valence
lf any hydrogens are missing the quantum mechanical calculations and the resulting force field will be incorrect.Even if you intend to gen ...]]></description>
      <category>【分子动力学软件】</category>
      <author>琦锅锅_XI7es</author>
      <pubDate>Mon, 07 Sep 2020 09:09:16 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>使用MolAICal基于NAMD模拟结果计算小分子和蛋白MM/GBSA的教程</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49225-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[使用MolAICal基于NAMD模拟结果计算小分子和蛋白MM/GBSA的教程
   更多教程（含英文教程）请见如下：MolAICal官方主页：https://molaical.github.ioMolAICal 文章介绍：https://doi.org/10.1093/bib/bbaa161MolAICal中文博客：https://molaical.github.io/cntutorial.ht ...]]></description>
      <category>【分子动力学软件】</category>
      <author>MolAICal</author>
      <pubDate>Sun, 16 Aug 2020 11:58:30 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>轨迹的周期边界性问题</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49195-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[请问各位老师，设置的盒子大小会影响轨迹的正常走向吗？因为看相关资料说分子距边界一般不小于0.85nm，所以为了速度就选择了这个，未处理周期性之前，提取了几帧，发现结构解离很严重，处理之后  正常了些，请问大神们  怎么看这个现象 ...]]></description>
      <category>【分子动力学软件】</category>
      <author>shadow</author>
      <pubDate>Mon, 20 Jul 2020 01:59:22 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>金属蛋白</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49125-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[各位前辈好，我想请教一下Gromacs可以进行含有铜离子的蛋白质的分子动力学模拟吗？我在进行模拟时，在使用pdb2gmx指令后，会出现：如下错误F
atal error:
Residue \'CU ‘ not found in residue topology database
有什么办法可以解决吗？是不是需要在atomtypes.atp中添 ...]]></description>
      <category>【分子动力学软件】</category>
      <author>五支折断的箭</author>
      <pubDate>Sat, 02 May 2020 10:28:59 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>如何创建GAFF的拓扑文件</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49113-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[模拟小白想要请教一下各位老师，如何创建GAFF力场的拓扑和结构文件，目前只知道需要下载ambertools,acpype，高斯这三个软件，但具体还是不知道如何操作？]]></description>
      <category>【分子动力学软件】</category>
      <author>Khuntoria</author>
      <pubDate>Tue, 21 Apr 2020 16:25:09 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>紫外杀毒机理仿真</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49092-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[本人小白，初学分子动力学仿真。最近老板让用分子动力学来进行紫外光照射条件下，SARS病毒的活性仿真。但是不知道如何去实现光外场条件的加载。所以请教各位前辈，希望前辈们不吝赐教！！ ...]]></description>
      <category>【分子动力学软件】</category>
      <author>Chujiantan</author>
      <pubDate>Fri, 28 Feb 2020 07:14:50 +0000</pubDate>
    </item>
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      <title>Gromacs中断续跑</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49077-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[想向各位前辈请教一下，Gromacs在跑MD时，如果不小心中断了，怎么才能让它接着跑起来呢？因为我用的是MobaXteam进行远程操作服务器，MobaXteam如果无操作一段时间，它会中断连接，在设置里面勾选了SSH keepalive还是不行。 ...]]></description>
      <category>【分子动力学软件】</category>
      <author>五支折断的箭</author>
      <pubDate>Wed, 05 Feb 2020 12:12:52 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>关于自己写python脚本计算MM/PBSA</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49041-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[老板让我自己写Pthon脚本，去计算MM/PBSA，不用依赖于Amer软件。想请教各位前辈们，该如何下手？还有这个可以实现吗？
目前我已经下载了Amber Tools的MM_PPBSA.py文件，但是看的不是特别明白。
非常感谢！！！
 ...]]></description>
      <category>【分子动力学软件】</category>
      <author>李云Echo</author>
      <pubDate>Tue, 29 Oct 2019 05:22:22 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>关于desmond一些问题</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49031-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[感觉用到desmond的比较少，也大部分是关于图形界面的使用方案，官网上关于命令行的说明有点晕，比如config文件的生成就不是很清晰，想问一下有没有人尝试过用命令行完成desmond的动力学模拟，以及有没有什么tips可以借鉴。
 ...]]></description>
      <category>【分子动力学软件】</category>
      <author>liushukai</author>
      <pubDate>Mon, 02 Sep 2019 05:29:25 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>求助各位大神</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49021-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[小弟使用autodockvina做对接，小分子使用的是chem3d进行能量最小化处理的，但是将原始晶体结构与的配体做redock后发现结果中的关键残基部位与原始晶体偏差较大。然后我调整了能量最小化的参数处理小分子多次仍得不到理想的结果。但是文献明确说redock结果与原始晶体相符 ...]]></description>
      <category>【分子动力学软件】</category>
      <author>wuyan969</author>
      <pubDate>Thu, 08 Aug 2019 18:07:18 +0000</pubDate>
    </item>
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      <title>ff14IDPs and ffIDPSFF force field</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49004-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[请问各位，如何在AMBER 18 里用这两个FF 来跑蛋白？]]></description>
      <category>【分子动力学软件】</category>
      <author>Lordking</author>
      <pubDate>Tue, 11 Jun 2019 08:16:03 +0000</pubDate>
    </item>
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      <title>命令找寻不见了</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-48971-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[amber动力学模拟：以前我是用pmed.cuda 进行加速，但是现在说pemed.cuda 这个命令找不到了，tleap这个命令也找不到，请问是怎么回事呢
我自己的处理方式是（不知道对不对）source了bashrc 显示说这个脚本好像有问题 请问该怎么解决呢？希望路过的大神帮我解决 谢谢

 ...]]></description>
      <category>【分子动力学软件】</category>
      <author>susi</author>
      <pubDate>Tue, 16 Apr 2019 10:11:45 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>amber16计算MMGBSA出现错误failed with prmtop</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-48910-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[利用B5教程生成了非常规氨基酸的力场参数，进行MD计算时没有任何错误，无论利用pdb还是ante-MMPBSA.py生成复合物、受体和配体的参数时，都会将B5教程得到的那个非常规氨基酸删掉，请问有什么合适的解决办法吗？
感谢回复！！
 ...]]></description>
      <category>【分子动力学软件】</category>
      <author>xiaoniurj</author>
      <pubDate>Mon, 14 Jan 2019 02:09:04 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>not found in residue topology database</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-48755-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[新手刚入门，请教几个基础的问题
看的是李继存老师翻译的 GROMACS教程：蛋⽩质配体复合物 ，按照流程把3HTB.pdb的水和配体除去（保留JZ4配体），然后输入grep JZ4 3HTB_clean.pdb &gt; JZ4.pdb ，将配体从复合物中脱离出来并保存到新的⽂件中，再输入gmx p ...]]></description>
      <category>【分子动力学软件】</category>
      <author>冬雨寒</author>
      <pubDate>Wed, 05 Dec 2018 14:51:20 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>求大佬指点</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-42347-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[请问一下，我想用gromacs做低温退火分析，从100℃-80℃-60℃-40℃-25℃，nvt.mdp中Simulated annealing那里怎么设置？求大佬指点Simulated annealingannealing = 
annealing_npoints =
annealing_time = 
annealing_temp = 


 ...]]></description>
      <category>【分子动力学软件】</category>
      <author>倔强的芥末</author>
      <pubDate>Mon, 15 Oct 2018 01:52:59 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>请问一下，如何将Windows系统下的文件拷贝到linux下！！！！</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-42341-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[新人一枚，第一次接触Gromacs及Linux，在Windows下，准备好了靶蛋白以及处理好的配体文件（gro和itp），用U盘转移到另一台linux电脑时，显示没有文件，请问有人知道怎么回事么？？或者可以用什么方法将这几个文件拷贝到linux系统下？？谢谢。 ...]]></description>
      <category>【分子动力学软件】</category>
      <author>look82165</author>
      <pubDate>Fri, 28 Sep 2018 02:35:39 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>细胞壁的MD模拟</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-42307-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[]]></description>
      <category>【分子动力学软件】</category>
      <author>白杨</author>
      <pubDate>Sat, 04 Aug 2018 01:11:50 +0000</pubDate>
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