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    <title>生物分子模拟论坛 - 【蛋白结构预测】</title>
    <link>http://www.bioms.org/forum-183-1.html</link>
    <description>Latest 20 threads of 【蛋白结构预测】</description>
    <copyright>Copyright(C) 生物分子模拟论坛</copyright>
    <generator>Discuz! Board by Comsenz Inc.</generator>
    <lastBuildDate>Fri, 15 May 2026 17:47:50 +0000</lastBuildDate>
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      <title>生物分子模拟论坛</title>
      <link>http://www.bioms.org/</link>
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      <title>AlphaFold预测蛋白质结构</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-67820-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[最优的方案：
使用氨基酸序列在AlphaFold Database数据库进行检索，目前几乎包含基因数据库中所有的蛋白质的预测结构
https://www.alphafold.ebi.ac.uk/

EMBL-EBI提供使用序列在在AlphaFold Database数据库进行blast，可更准确的获取预测的结构

https://www.ebi.ac.uk ...]]></description>
      <category>【蛋白结构预测】</category>
      <author>lwq199309</author>
      <pubDate>Thu, 17 Nov 2022 04:22:37 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>relion中点display之后打不开.star文件，看不了图</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-62599-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[如题，relion中点display之后打不开.star文件，看不了图，大佬们，这是怎么回事呀，怎么解决？]]></description>
      <category>【蛋白结构预测】</category>
      <author>Laide</author>
      <pubDate>Tue, 09 Mar 2021 07:44:49 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>求助帖：请问有人用过DS的Model Antibody模拟纳米抗体吗？</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-62595-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[在Model Antibody Framework的时候分别给出了重链和轻链序列的输入选项，纳米抗体没有轻链，但是不输入轻链序列又不能运行，如下图：
请问有人遇到这种情况吗？
DS软件可以模拟纳米抗体吗？
如果不可以，那么有什么针对纳米抗体的软件吗？
 ...]]></description>
      <category>【蛋白结构预测】</category>
      <author>Snower</author>
      <pubDate>Fri, 05 Feb 2021 07:49:41 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>求助，怎么构建蛋白质二聚体啊</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49329-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[是这样的，我有一个蛋白质的PDB文件，我现在想要构建一个这个蛋白的同源二聚体，请问一下什么软件可以做到啊]]></description>
      <category>【蛋白结构预测】</category>
      <author>Laide</author>
      <pubDate>Sat, 26 Dec 2020 04:50:12 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>大佬们好，请问有那种蛋白质三维结构的blast吗？</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49319-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[就是是否有那种应用，就是上传一个蛋白质的PDB文件，就可以得到与这个蛋白的结构在一定RMSD值范围内的一些相似蛋白？]]></description>
      <category>【蛋白结构预测】</category>
      <author>Laide</author>
      <pubDate>Tue, 01 Dec 2020 12:26:48 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>融合蛋白建模</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49215-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[求助前辈们 问题如下：
现在做融合蛋白（A-linker-B-linkerC）建模用modeller ，官网上对于融合蛋白就说了一句，对齐比对文件。查看相应文献，发现，要用modeller进行融合蛋白建模，需要分别将融合蛋白的A、B以及C链分别与其相应的模板进行比对，然后手动对齐，请问应该 ...]]></description>
      <category>【蛋白结构预测】</category>
      <author>susi</author>
      <pubDate>Mon, 10 Aug 2020 12:15:50 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>求助预测蛋白活性空腔的软件</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49201-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[最近在做分子对接，目的蛋白的活性空腔结构没有文献可供参考，需要自行分析，特向各位大神求助预测蛋白活性空腔的软件，如Pocket Finder，Pocket Picker等，不胜感激！]]></description>
      <category>【蛋白结构预测】</category>
      <author>zhaothing</author>
      <pubDate>Mon, 27 Jul 2020 13:54:14 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>对双特异性抗体进行建模</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49197-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[本人的抗体是用linker将两个抗体连接构建的，modeller可以实现用不同的模板对齐前段和后端的抗体进行建模吗？尝试了一下modeller官网的多模板建模，感觉他的建模都是每一个模板从头去对应自己的序列。应该怎么操作使得与后端同源性高的模板可以与后面的抗体对齐来进行建 ...]]></description>
      <category>【蛋白结构预测】</category>
      <author>怪人。</author>
      <pubDate>Fri, 24 Jul 2020 09:21:32 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>晶体结构蛋白---表面氨基酸筛选预测</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49150-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[请教一下大神们，我怎么定义哪些氨基酸是位于结构的表面，哪些氨基酸是位于结构的内部~~~~求帮忙解答，谢谢~~（即根据晶体结构计算的surface是由哪些氨基酸参与构成的）]]></description>
      <category>【蛋白结构预测】</category>
      <author>wx_k1w1kQ50</author>
      <pubDate>Mon, 15 Jun 2020 00:52:42 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>同源建模</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49137-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[新手一枚，有个问题想请教一下，我的蛋白是金属蛋白，而同源建模只能构建出它的蛋白部分，之后可以利用什么软件为蛋白添加上金属呢？希望能够得到前辈们的指导。]]></description>
      <category>【蛋白结构预测】</category>
      <author>五支折断的箭</author>
      <pubDate>Thu, 21 May 2020 06:57:56 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>用tr-Rosetta同源建模的蛋白无法用Autodock加氢</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49131-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[用tr-Rosetta同源建模的蛋白无法用Autodock加氢]]></description>
      <category>【蛋白结构预测】</category>
      <author>wx_kzaY3tV5</author>
      <pubDate>Sun, 10 May 2020 10:16:14 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>求问modeller建模N段未折叠怎么解决</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49075-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[按照同源度比较高和同家族的几个模板进行modeller多模板建模后，发现N端没有折叠
然后按照一个教程，在多模板中，加入了与N端同源度较高的模板，效果还不如直接的多模板建模
请问该怎么解决，毕业相关，求各位大神指点指点！ ...]]></description>
      <category>【蛋白结构预测】</category>
      <author>maybe72maybe</author>
      <pubDate>Sat, 01 Feb 2020 05:44:17 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>同源二聚体同源建模</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49068-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[请教一下，用什么软件可以直接对二聚体同源建模？
将二聚体亚基分开单独建模，如何将单亚基整合在一起？]]></description>
      <category>【蛋白结构预测】</category>
      <author>娜娜</author>
      <pubDate>Wed, 01 Jan 2020 06:19:21 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>晶泰科技生物大分子AIDD算法实习生招聘！！</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49059-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[工作描述：
0. 针对蛋白质生物大分子体系（如多肽、抗体、酶等）进行机器学习和深度学习算法设计与开发，并在具体的生物化学场景中进行应用；  
1. 完成项目文档的撰写，内容包括：立项、算法设计、算法测试、算法逻辑等； 
2. 将生物化学中的问题转化成算法可以解决的 ...]]></description>
      <category>【蛋白结构预测】</category>
      <author>天空</author>
      <pubDate>Wed, 18 Dec 2019 01:42:14 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>如何模拟一个蛋白质发生磷酸化修饰的结构？</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49050-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[各位大佬，我是这个方面的小萌新，想知道一个蛋白某个位点发生磷酸化修饰以后与底物结合能力的变化，能不能实现呢？如果可以实现应该具体怎么做呢？希望大佬们伸出援手，感激不尽！ ...]]></description>
      <category>【蛋白结构预测】</category>
      <author>猴丫丫</author>
      <pubDate>Fri, 29 Nov 2019 09:00:53 +0000</pubDate>
    </item>
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      <title>蛋白结构预测英文版2014</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-49003-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[]]></description>
      <category>【蛋白结构预测】</category>
      <author>白色的风</author>
      <pubDate>Tue, 11 Jun 2019 04:54:32 +0000</pubDate>
    </item>
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      <title>CHARMMing注册求助</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-48970-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我在注册CHARMMing需要验证原论文作者的Last name,但是我反复尝试都没成功。请问以Benjamin T.Miller 为例，什么是Last name?
请注册过的大神帮帮我，谢谢啦]]></description>
      <category>【蛋白结构预测】</category>
      <author>qiao1996</author>
      <pubDate>Mon, 15 Apr 2019 11:04:09 +0000</pubDate>
    </item>
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      <title>比“生物界AlphaGo”更厉害，MIT：给我一个氨基酸序列，就能告诉你蛋白质功能</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-48945-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[DeepMind去年公布了生物学界的AlphaGo——AlphaFold，只要知道蛋白质的氨基酸序列，就可以预测蛋白质分子的三维折叠结构。


△AlphaFold预测蛋白质结构

现在MIT把AI的预测能力又推进了一步，直接通过氨基酸序列预测蛋白质分子的生物学功能，跳过AlphaFold预测蛋白质立 ...]]></description>
      <category>【蛋白结构预测】</category>
      <author>Dr.JING敬博</author>
      <pubDate>Tue, 26 Mar 2019 12:02:47 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>Modeller建模时如何同时对模板中的原子配体建模</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-48760-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[本人小白一枚，求大神指点……我现在想建模的这个酶分子在其活性中心处有一个Cl离子，模板已经找到且含有Cl离子，怎么通过建模的方法得到一个含有Cl的模型，或者说是通过构建好的不含Cl的模型与Cl进行Autodock建模？
 ...]]></description>
      <category>【蛋白结构预测】</category>
      <author>Canon</author>
      <pubDate>Wed, 02 Jan 2019 12:38:37 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>各位大神，建模之后这是什么鬼……</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-48758-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[各位大神，最近在用Modeller建模，我现在做的这个蛋白是个四聚体，但是，之前建模都是建的单体，结果是正常的，最近想做一下二聚体的建模，用之前的PDB模型准备了一个二聚体结构，ali文件内容是：&gt;P1;TvLDH
sequence:TvLDH:::::::0.00: 0.00
MASTAIVTN-------------RPPG ...]]></description>
      <category>【蛋白结构预测】</category>
      <author>Canon</author>
      <pubDate>Wed, 19 Dec 2018 08:47:05 +0000</pubDate>
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