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    <title>生物分子模拟论坛 - 【分子模拟编程】</title>
    <link>http://www.bioms.org/forum-169-1.html</link>
    <description>Latest 20 threads of 【分子模拟编程】</description>
    <copyright>Copyright(C) 生物分子模拟论坛</copyright>
    <generator>Discuz! Board by Comsenz Inc.</generator>
    <lastBuildDate>Fri, 15 May 2026 17:43:05 +0000</lastBuildDate>
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      <title>生物分子模拟论坛</title>
      <link>http://www.bioms.org/</link>
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      <title>pl程序修改</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-2962-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[程序如下：
#!/usr/bin/perl
##############################################################################
### SECTION:3: splits multi-MOLECULE input mol2 into individual mol2 files ###
################################################################# ...]]></description>
      <category>【分子模拟编程】</category>
      <author>625557018</author>
      <pubDate>Tue, 21 Feb 2017 08:23:24 +0000</pubDate>
    </item>
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      <title>基于python和bash的多线程任务框架 不要让cpu闲着了</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-2682-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[在分子模拟漫漫长路中，你有没有遇到这样的情况：我有一台多核机器，也有超算账号，有几百上千乃至几十万的分子要对接，假如我想把cpu全部用起来，那该怎么办呢？一个简单的思路是开多个进程，简单来讲，我可以把分子均分为几个文件夹，写个脚本投递N次，最后再 ...]]></description>
      <category>【分子模拟编程】</category>
      <author>pesticide_ccnu</author>
      <pubDate>Fri, 02 Sep 2016 12:54:06 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>pymol 插件的制作流程</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-2607-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[pymol 插件的制作流程step 1 定制你的插件addmenuitem(menuName, itemType, statusHelp = \'\', traverseSpec = None, **kw)
Add a menu item to the menu menuName. The kind of menu item is given by itemType and may be one of command, separator, checkbutton, ra ...]]></description>
      <category>【分子模拟编程】</category>
      <author>数据挖掘</author>
      <pubDate>Tue, 19 Jul 2016 10:43:25 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>准备QMMM文件的脚本</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-2210-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[QMMM的gjf文件的生成，里面最麻烦的就是补全原子类型。
checkatc.pl  是用来检查原子类型缺少。
prep2gjf.gjf  是把prep文件中原子顺序对应到原先的gjf文件中。
findfrcmod.pl 用来添加原子类型信息

http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=space&amp;uid=950202


 ...]]></description>
      <category>【分子模拟编程】</category>
      <author>数据挖掘</author>
      <pubDate>Tue, 29 Dec 2015 02:20:32 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>如何将多个mol2文件合并为sd文件？</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-2116-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[如何将多个mol2文件合并为sd文件？
求教，不胜感激]]></description>
      <category>【分子模拟编程】</category>
      <author>yongtq</author>
      <pubDate>Tue, 24 Nov 2015 07:02:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>大家习惯使用哪个编译器啊？</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-1948-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[编译fortran代码，大家习惯使用哪个编译器
ifort，gfortran，pgif，g95]]></description>
      <category>【分子模拟编程】</category>
      <author>greatzdl</author>
      <pubDate>Thu, 10 Sep 2015 02:54:56 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>关于python的包安装</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-1717-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[最近在使用python，主要用于化学信息学和生物信息学。打算把其中遇到的问题都写下来，第一次写，多多指教。
首先是python的包安装，在win下安装会有很多问题。我这个应该能实现，步骤如下：
1，python官网下载python2.7.9，点击安装，选择repair，安装。
2，找到get-pip ...]]></description>
      <category>【分子模拟编程】</category>
      <author>浪模拟</author>
      <pubDate>Mon, 13 Apr 2015 04:38:04 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>蛋白全序列氨基酸可变性分析</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-1648-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[#!/usr/bin/python
# -*- coding: utf-8 -*- 

fasta_sequence = open(\'C:/Python27/exercise/acetoin.fasta\',\'r\') #读取多序列比对的fasta文件
seq = fasta_sequence.readlines()                              #把fasta格式按行读取，存入列表seq中
seq_num = len(seq ...]]></description>
      <category>【分子模拟编程】</category>
      <author>puzhongji</author>
      <pubDate>Tue, 03 Feb 2015 13:08:55 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>生物信息：perl批量下载pdb数据</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-1483-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[#!/perl 64/bin/perl -w
use WWW::Mechanize;
    use Storable;
@pdb_code=qw(3ASU 3GED 3GUY 3IOY 3PK0 4DYV 4GH5 4IQG 4ITU 4ONE);#粘贴你要下载的pdb ID
$num1=@pdb_code;#下载的pdb文件数量

print \&quot;下载的pdb文件数为]]></description>
      <category>【分子模拟编程】</category>
      <author>puzhongji</author>
      <pubDate>Sun, 16 Nov 2014 05:13:20 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>perl学习系列经验之一如何安装并运行perl脚本</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-915-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[Notice: 我之所以会写这个系列，一是共享自己的经验，而是增加自己的收入
百度最近推出了回享计划，每篇经验点击1000次3元的收入。
我会把整个perl的学习过程写出来，希望群里面有更多perler出现。
之后的系列中，我会结合我们药物设计的特点，给出具体的案例。

word中 ...]]></description>
      <category>【分子模拟编程】</category>
      <author>数据挖掘</author>
      <pubDate>Tue, 19 Nov 2013 14:23:42 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>查询筛选化合物是否在国内买到的perl脚本</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-867-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[背景：
所筛选的小分子库不是商业库，筛完药以后，我们会得到打分比较靠前的化合物，这时候我们需要想办法购买。
chemical book上面有供应商的信息，是根据cas号查询的。
利用chemical book网站，化合物的cas号以及perl，告诉你那些化合物是买的到的。
脚本puravailable ...]]></description>
      <category>【分子模拟编程】</category>
      <author>数据挖掘</author>
      <pubDate>Wed, 30 Oct 2013 12:08:13 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>借助pymol计算NMR中蛋白的RMSD</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-836-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[背景：
NMR中有蛋白的多个状态，找出其中差异较大的蛋白。
有两种方法；
方法一：NMRCLUST 聚类
方法二：
首先求一个平均结构，然后计算20个构象与这个平均结构的RMSD
再取最接近平均结构的一个构象a
1wym_right_Number_0009 2.509
同时取与平均结构的rmsd最大的构象b
1 ...]]></description>
      <category>【分子模拟编程】</category>
      <author>数据挖掘</author>
      <pubDate>Tue, 08 Oct 2013 13:39:31 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>根据cas号批量下载pubchem上的化合物</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-613-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[根据cas号批量下载化合物，在cmd运行exe，出现使用说明。




#########################################
第二个附件针对改版的pubchem的]]></description>
      <category>【分子模拟编程】</category>
      <author>数据挖掘</author>
      <pubDate>Thu, 30 May 2013 15:25:24 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>分享计算小分子相似度的小程序</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-455-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[给大家分享我们课题组之前写的计算小分子相似度的算法，基本是老师写的，阈值可以设定80%左右比较准确，


附件给出可执行的EXE文件  直接在dos下面用。可以做基于相似度的虚拟筛选~~~~谢谢我的导师~~~ ...]]></description>
      <category>【分子模拟编程】</category>
      <author>Babyblue</author>
      <pubDate>Mon, 11 Mar 2013 03:28:25 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>自动找出分子中环的编号</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-444-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[我2月8号来上海，今天28号，前前后后化了我将近20天的时间，才搞定了自动识别mol2中环的编号。
需要一些图论方面的知识，生物专业出身，数学和计算机底子薄。希望能借此认识更多的同行人，进行交流。

图论  无向图中的闭合回路                                        ...]]></description>
      <category>【分子模拟编程】</category>
      <author>数据挖掘</author>
      <pubDate>Thu, 28 Feb 2013 10:25:48 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>分割mol2格式小分子文件的python脚本</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-353-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[python写的分割mol2格式小分子文件的脚本。
需要python才能运行（python3可能不能运行，没有测试）。

使用方法：命令行里运行：./split_mol2.py mols.mol2 2000    将mols.mol2分割为很多包含2000个小分子的mol2文件，文件名和分子个数可以根据自己需要修改。

如果使 ...]]></description>
      <category>【分子模拟编程】</category>
      <author>飞毛腿</author>
      <pubDate>Wed, 26 Dec 2012 05:36:23 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>计算小分子mol2格式的构象的rmsd</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-304-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[附件中是用c语言写的一个exe
功能就是计算两个分子的rmsd值
里面包含了c的源代码（我刚看了c不到一个月，里面写的很粗糙，适合新手看）


，最好不要直接双节exe，而应该在cmd中运行。
cd 到exe的目录下
然后 cal_mol2_rmsd.exe
按提示操作即可。

目前的批处理需要通过 ...]]></description>
      <category>【分子模拟编程】</category>
      <author>数据挖掘</author>
      <pubDate>Mon, 17 Dec 2012 13:47:44 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>perl的文本处理</title>
      <link>http://www.bioms.org/thread-301-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[抽出一周的时间，把神奇的perl 看完，重点掌握 hash 和正则表达式，文本的处理就不在话下。

既然叫我做这里的版主，我对软件的使用也不太熟悉，也没什么能帮到大家的。

要是大家需要文本处理的话，找我qq 1679088991，perl处理。

另外欢迎大家和我交流c  /c++问题。
 ...]]></description>
      <category>【分子模拟编程】</category>
      <author>数据挖掘</author>
      <pubDate>Mon, 17 Dec 2012 08:32:38 +0000</pubDate>
    </item>
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